2015
Verzameld werk (Amsterdam: Querido). Bezorgd door Jaap Goedegebuure en Rick Honings.
2015
De brieven (Amsterdam: Querido). Samengesteld, ingeleid en geannoteerd door Oek de Jong en Jaap Goedegebuure.
2015
Mystiek lichaam (Amsterdam: Rick Honings, Jaap Goedegebuure en Uitgeverij Rubinstein bv). Luisterboek voorgelezen door Ilja Leonard Pfeijffer, met een toelichting van Rick Honings en Jaap Goedegebuure.
2008
Mystiek lichaam. Een geschiedenis (Amsterdam: Athenaeum-Polak & Van Gennep; Salamander Klassiek)
2007
De verhalen (Amsterdam: Athenaeum-Polak & Van Gennep)
2006
De romans (Amsterdam: Athenaeum-Polak & Van Gennep)
1995
De verhalen van Frans Kellendonk (Amsterdam: Meulenhoff)
1995
Verhalen, een lezing (Nijmegen: Katholieke Universiteit; bibliofiele editie)
1992
Het complete werk (Amsterdam: Meulenhoff)
1989
De halve wereld. Reportages (Amsterdam: Meulenhoff)
1988
Geschilderd eten. Albert Verweylezingen Universiteit Leiden (Leiden/Amsterdam: Martinus Nijhoff, Meulenhoff)
1987
De veren van de zwaan. Essays (Amsterdam: Meulenhoff)
1986
Mystiek lichaam. Een geschiedenis (Amsterdam: Meulenhoff). Bekroond met de Ferdinand Bordewijk Prijs 1987.
1985
Hier schiet elk woord tekort. Reisbrief aan E. Braches (Oosterhesselen: Agri Montis Press). Bibliofiele uitgave in 12 exemplaren.
1985
Het werk van de achtste dag. Over de verhalen van F. Bordewijk (Amsterdam: Nijgh & Van Ditmar). Bewerking van columns die in Folia Civitatis zijn verschenen.
1984
Aantekeningen uit de nieuwe wereld (Amsterdam: J. Meijer). Bibliofiele uitgave in 50 exemplaren.
1984
Florida. Verhalen van een schiereiland (Amsterdam: Meulenhoff). Samengesteld door en met een begeleidend verhaal van Frans Kellendonk.
1984
Antwoord. Een collage van vraaggesprekken in: Literair Moment, Informatie over Frans Kellendonk (Amsterdam: Meulenhoff)
1983
Namen en Gezichten. Verhalen (Amsterdam: Meulenhoff)
1982
Letter en Geest. Een spookverhaal (Amsterdam: Meulenhoff)
1979
De Nietsnut. Een vertelling (Amsterdam: Meulenhoff)
1978
John & Richard Marriott. The History of a Seventeenth-Century Publishing House (proefschrift Katholieke Universiteit Nijmegen; Amsterdam: Athenaeum-Polak & van Gennep)
1977
Bouwval. Gevolgd door Achter het licht & De waarheid en mevrouw Kazinczy (Amsterdam: Meulenhoff). Bekroond met de Anton Wachterprijs 1977.
1969
Het reuzenrad. Vijf gezellige episoden (Nijmegen: Broeder Aegidius)
Het grootste deel van zijn jeugdwerk publiceerde hij in schoolbladen e.d. onder het pseudoniem ‘Kelly’, waaronder hij toen ook Het reuzenrad uitbracht. Later heeft hij zijn jeugdwerk verworpen.
Frans Kellendonk 